第 一 條 本自治條例依地方制度法第六十二條第一項及地方行政機關組織準則第三條第一項規定制定之。
第 二 條 臺南市政府（以下簡稱本府）辦理本市自治事項，並執行中央政府委辦事項。
第 三 條 本府置市長，綜理市政，並指揮監督本府所屬機關及員工；置副市長二人，襄理市政。
第 四 條 本府置秘書長，承市長之命，襄理市政；置副秘書長，襄助秘書長處理業務。
第 五 條 本府置參事、技監、顧問、參議，承市長之命，辦理市政設計，撰擬及審核法案、命令、工作計畫，並備諮詢有關市政等事項。
第 六 條 本府設下列各處、委員會，分別掌理下列事項：
一、秘書處：掌理機要業務、檔案管理、印信、文書、庶務、廳舍修繕與維護、採購企劃及管理、採購稽核及申訴調解等事項。
二、法制處：掌理法制、國家賠償、訴願審議及消費者保護等事項。
三、新聞及國際關係處：掌理新聞聯繫、公共關係、城市企劃行銷、城市外交、廣電影視管理及數位傳播等事項。
四、原住民族事務委員會：掌理原住民族教育、文化、社會福利及產業發展等事項。
五、客家事務委員會：掌理客家語言教育、文化推廣及產業發展等事項。
六、研究發展考核委員會：掌理施政計畫、研究發展、管制考核及為民服務等事項。
前項各處、委員會職掌內容，除法令另有規定者外，必要時得依地方行政機關組織準則第八條規定調整之。
第 七 條 本府置處長、主任委員、副處長、副主任委員、專門委員、科長、主任、消費者保護官、編審、秘書、視察、專員、股長、科員、技士、技佐、助理員、辦事員及書記。
原住民族事務委員會置委員十七人至二十五人，除主任委員為當然委員外，餘由市長就下列人員聘兼之：
一、原住民族群代表。
二、專家學者。
前項委員中，原住民籍委員名額不得低於委員總額三分之二；單一性別委員名額不得低於委員總額三分之一。
客家事務委員會置委員十七人至二十五人，除主任委員為當然委員外，餘由市長就下列人員聘兼之：
一、客家族群代表。
二、專家學者。
前項委員中，客家籍委員名額不得低於委員總額二分之一；單一性別委員名額不得低於委員總額三分之一。
研究發展考核委員會置委員十一人至十五人，除主任委員為當然委員外，餘由市長聘請專家學者擔任。
第二項、第四項及第六項委員為無給職，任期二年，期滿得續聘兼之，任期出缺時，得補聘兼至原任期屆滿之日止。
第 八 條 本府設人事處，置處長、副處長、專門委員、科長、秘書、視察、專員、股長、科員、助理員、辦事員及書記，依法辦理人事管理事項。
第 九 條 本府設主計處，置處長、副處長、專門委員、科長、秘書、視察、專員、股長、科員、佐理員、辦事員及書記，依法辦理歲計、會計及統計事項。
第 十 條 本府設政風處，置處長、副處長、專門委員、科長、秘書、視察、專員、股長、科員、助理員、辦事員及書記，依法辦理政風事項。
第 十一 條 本府設下列一級機關：
一、民政局。
二、教育局。
三、農業局。
四、經濟發展局。
五、觀光旅遊局。
六、工務局。
七、水利局。
八、社會局。
九、勞工局。
十、地政局。
十一、都市發展局。
十二、文化局。
十三、交通局。
十四、衛生局。
十五、環境保護局。
十六、財政稅務局。
十七、體育局。
十八、警察局。
十九、消防局。
本府所屬一級機關之組織規程另定之。
第 十二 條 本府必要時，得設所屬二級機關；其組織規程另定之。
第 十三 條 本市各區設區公所，區公所之組織規程另定之。
第 十四 條 本府為處理特定事務得設各種任務編組，其設置要點另定之。
第 十五 條 市長辭職、去職或死亡時，由行政院派員代理。
市長停職時，由副市長代理，副市長出缺或不能代理時，由行政院派員代理。
市長請假或因故不能執行職務時，職務代理順序如下：
一、副市長。
二、秘書長。
三、由市長指定本府一級單位主管或所屬一級機關首長一人。
第 十六 條 本自治條例所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
第 十七 條 本府設市政會議，以下列人員組成之：
一、市長。
二、副市長。
三、秘書長。
四、副秘書長。
五、一級單位主管及所屬一級機關首長。
六、市長指定人員。
市政會議由市長召集，並為主席；市長因故不能出席時，由職務代理人為主席。
第 十八 條 下列事項應經市政會議之決議：
一、施政計畫及預算。
二、提出市議會之議案及報告。
三、本府及所屬機關（構）組織自治條例、組織規程及自治法規。
四、涉及各機關（構）共同關係事項。
五、市長交辦事項。
六、其他有關市政之重要事項。
第 十九 條 本府分層負責明細表由本府定之。
本府各局分層負責明細表分甲表及乙表。甲表由各局擬訂，報本府核定；乙表由各局定之，報本府備查。
第 二十 條 本自治條例自公布日施行。
本自治條例修正條文，除中華民國一百零五年七月六日修正公布之條文，自一百零五年七月一日施行；一百十一年四月十二日修正公布之條文，自一百十一年七月一日施行外，自公布日施行。