第 一 條 本規程依臺南市政府組織自治條例第十一條第二項規定訂定之。
第 二 條 臺南市政府衛生局（以下簡稱本局），置局長，承市長之命，綜理局務，並指揮監督所屬機關及員工；置副局長二人，襄理局務。
前項副局長職務，其中一人，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。
第 三 條 本局設各科、中心、室，分別掌理下列事項：
一、疾病管制科：掌理疫情監測、調查、訓練與醫院院內感控事項、規劃疫苗接種之政策及執行、社區傳染病及新興傳染病之防治、外籍移工及營業衛生從業人員之防疫等事項。
二、國民健康科：掌理各項健康促進與健康管理工作之規劃、推展、監督及考核等事項。
三、食品藥物管理科：掌理藥政、藥品、醫療器材、化粧品及食品衛生管理等事項。
四、醫事科：掌理醫事機構與醫事人員證照管理登記、醫療品質管制、醫療廣告、醫事審議及醫師懲戒、公會管理、巡迴醫療、緊急救護網、區域醫療網、民防動員、救護車管理、身心障礙鑑定、市立醫院管理及委外醫院監督管理等事項。
五、心理健康科：掌理毒品危害防制、精神與心理衛生、酒癮防治、自殺防治、家庭暴力及性侵害犯罪加害人處遇等事項。
六、衛生稽查科：掌理人民申請案現場履勘、人民陳情與檢舉違規案件稽查、各業別例行或計畫性稽查、抽驗及輔導等事項。
七、綜合企劃科：掌理綜合業務規劃、研究發展、計畫管考、衛生志願服務、法制、公共關係、議事、資訊管理、國際衛生合作及綜合衛生業務訓練等事項。
八、檢驗中心：掌理食品、藥物、化粧品、水質、臨床醫事檢驗及傳染病公共衛生檢驗等相關檢驗事項。
九、秘書室：掌理庶務管理、出納、財產與物品管理、採購、車輛調度管理、文書管理及檔案管理等事項。
第 四 條 本局置主任秘書、專門委員、科長、主任、秘書、專員、視察、技正、股長、衛生教育指導員、衛生稽查員、科員、技士、管理師、助理員、技佐、辦事員、書記。
前項技正及技士員額總數十五分之ㄧ以下，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。但員額不足一人時，得以一人計。
第一項主管疾病管制、健康促進、藥政、醫政、檢驗業務之科長、主任職務，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。
第 五 條 本局設人事室，置主任、專員、科員、助理員，依法辦理人事管理事項。
第 六 條 本局設會計室，置主任、專員、科員、佐理員、辦事員，依法辦理歲計、會計及統計事項。
第 七 條 本局設政風室，置主任、專員、科員、辦事員，依法辦理政風事項。
第 八 條 本局得視業務需要設市立醫院、衛生所或其他衛生醫療機
構，其組織規程另定之。
第 九 條 局長出缺繼任人員到任前，由臺南市政府（以下簡稱本府）派員代理之。
局長請假或因故不能執行職務時，職務代理順序如下：
一、副局長。
二、主任秘書。
前項情形，本府得指派適當人員代理之。
第 十 條 本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
第 十一 條 本局局務會議由局長召集之，均以下列人員組成之：
一、局長。
二、副局長。
三、主任秘書。
四、專門委員。
五、簡任技正。
六、科長、主任。
七、所屬機關首長。
前項會議，必要時得由局長邀請或指定有關人員列席或參加。
第 十二 條 本局分層負責明細表分甲表及乙表，甲表由本局擬訂，報請本府核定；乙表由本局訂定，報請本府備查。
第 十三 條 本規程自中華民國九十九年十二月二十五日施行。
本規程修正條文，除中華民國一百零六年十一月二日修正發布之條文，自一百零七年一月一日施行；一百十一年八月十七日修正發布之條文，自一百十一年九月一日施行外，自發布日施行。